Celková štruktúra fontány pre domáce zvieratá sa sústreďuje na skladovanie vody, cirkuláciu, filtráciu a dávkovanie, pričom pozostáva z kľúčových komponentov, ako je nádrž, vodné čerpadlo, filtračná zostava, výstup vody, horný kryt a základňa. Zásobník pojme pitnú vodu a je zvyčajne navrhnutý s veľkou kapacitou, aby sa minimalizovala frekvencia dopĺňania. Čerpadlo je inštalované na dne alebo vo vnútri nádrže; jeho motor poháňa obežné koleso na dopravu vody zo skladovacieho priestoru do horného výtoku. Po pretečení výpustom sa voda vracia späť do zásobníka, čím sa vytvára nepretržitý cyklus. V závislosti od dizajnu produktu môže byť výstupný mechanizmus vybavený fontánou, vodopádom alebo jemným prúdením, aby sa prispôsobili pitným návykom rôznych domácich miláčikov a zároveň sa minimalizovalo striekanie spôsobené rýchlym prúdom vody.
Filtračná zostava je kľúčovým komponentom, zvyčajne umiestneným pozdĺž cesty cirkulácie vody. Medzi bežné prvky patria hrubé sitá, filtračná bavlna a kazety s aktívnym uhlím, pričom produkty využívajú buď jednovrstvové, alebo viacvrstvové filtračné systémy. Stupeň hrubej filtrácie zachytáva väčšie nečistoty, ako sú vlasy a zvyšky jedla, zatiaľ čo jemné filtračné materiály odstraňujú menšie častice a zlepšujú zápach vody. Niektoré modely sú vybavené modulárnou filtračnou vložkou, ktorú môžu majitelia ľahko vybrať, vymeniť a vyčistiť. Umiestnenie filtračného systému vyžaduje starostlivé plánovanie, aby sa zabezpečil dostatočný prietok vody cez filtračné médium a zároveň bola jednoduchá demontáž a údržba. Dobrý prietok vody medzi nádržou a filtračnou zostavou je nevyhnutný na minimalizáciu vnútorného hromadenia vodného kameňa a nečistôt.
Základňa a kryt slúžia na zaistenie jednotky, ochranu vnútorných komponentov a zabezpečenie stability počas používania. Protišmykové podložky sú zvyčajne pripevnené k spodnej časti, aby tlmili drobné vibrácie pumpy a zabránili posunutiu fontány, ak do nej narazí domáce zviera. Kryt izoluje čerpadlo a elektrické vedenie, aby sa znížilo riziko vniknutia vody do elektrických komponentov a zároveň uľahčuje demontáž a čistenie. Pokročilé modely môžu obsahovať aj funkcie, ako je okno s hladinou vody, ochrana proti nízkej{4}}vode, kontrolky alebo funkcie automatického vypnutia-, ktoré majiteľom umožňujú pohodlne sledovať stav zariadenia. Celkovo musí konštrukčný návrh fontány pre domáce zvieratá dosiahnuť rovnováhu medzi cirkuláciou vody, účinnosťou filtrácie, stabilitou, tichou prevádzkou a jednoduchosťou demontáže a čistenia; čím racionálnejší je dizajn, tým pohodlnejšie je každodenné používanie a údržba.